След успешна приватизация, „Софарма“ става частна фармацевтична компания. Първите години след приватизацията са период на непрекъсната модернизация и усъвършенстване. В рамките на две години след приватизационния период, „Софарма“ обединява шест предприятия в модерна и динамична корпоративна структура, включваща: „Софарма“ АД, „Унифарм“ АД, „Врамед“ АД, „Фармахим Холдинг“ АД, „НИХФИ“ АД и „Ростбалканфарм“. Фармацевтичният завод „Софарма – Врабево“, напълно съответстващ на европейските стандарти за Добра производствена практика (GMP) „Софарма“ изцяло лицензира своите производствени мощности в съответствие с Европейските стандарти за Добри производствени практики. През 2004 г. „Софарма“ лицензира своите производствени мощности в съответствие с европейската GMP, което й осигурява стратегическа позиция след присъединяването към Европейския съюз през 2007 г. През същата година „Софарма“ увеличава своя производствен капацитет, като добавя друг член към своята група фирми – „Българска роза – Севтополис“ АД.
През 2005 г. „Софарма“ отваря най-модерния логистичен център в България (логистичен терминал) за дистрибуция на фармацевтични продукти. Логистичният център напълно съответства на Европейските изисквания за Добра дистрибуторска практика (GDP). Навлизане в дистрибуторския бизнес чрез придобиването на „Софарма Трейдинг“, като по този начин получава настоящата си форма в резултат на сливането на петте дистрибутора – „Санита Трейдинг“, „Калиман РТТ“ АД, „Глобъл Медикъл ООД“, „Консумфарм“ и „Елфарма“.
„Софарма“ стартира процеса на проектиране и изграждане на нов високотехнологичен таблетен завод за производство на твърди лекарствени форми с удвоен капацитет и инвестиционен потенциал от над 40 млн. евро. Всички дейности свързани с проектирането, строителството и валидирането напълно съответстват на европейските стандарти за фармацевтично производство и са одобрени от Изпълнителната агенция по лекарствата. За този проект „Софарма“ получава наградата „Сертификат за първи клас инвеститор“.
През 2007 г. „Софарма“ направи следващата стъпка в модернизирането и увеличението на производствените мощности в таблетното производство в „Българска Роза – Севтополис“ АД, Казанлък. Като единствен производител на ампули в България, през 2007 г. „Софарма“ предприема реконструкция на своето съоръжение за ампули, за да увеличи производствения му капацитет. Регистриран е първият оригинален продукт на „Софарма“ в Западна Европа.
Започва изграждането на два нови производствени завода в Сърбия и България и е учредено дъщерно дружество на „Софарма“ в Полша. За първи път в новата история на дружеството откриваме нов административен офис, по-достъпен за нашите гости и партньори. За трета поредна година „Софарма“ получава приза „Най-добра публична компания” от класацията Капитал Топ 100. През 2013 откриване на най-модерния ни завод за твърди лекарствени форми.
Новият най-съвременен завод за твърди лекарствени форми на „Софарма“ е пуснат в експлоатация и печели три награди в областта на строителството. „Софарма“ предприема редица дейности по консолидация на Групата. След приключване на големите проекти за модернизация на производствените мощности вече можем да поставим силен акцент върху научноизследователската и развойна дейност.
„Българска Роза – Севтополис“ АД най-после се влива в „Софарма“ АД. „Софарма Трейдинг“ АД влиза на сръбския пазар.“Софарма“ АД придобива общо 68% от капитала на „Вета Фарма“ АД.
“Софарма” АД придобива 51% от капитала на молдовския дистрибутор на лекарствени продукти „РАП Фарма Интернешънъл“. “Софарма” АД придобива 75% от успешния стартъп за разработване и маркетиране на хранителни добавки „Аромания“. “Медика” АД се влива в “Софарма” АД. “Унифарм” АД се влива в “Софарма” АД. Дружеството отбелязва своя 85-годишен юбилей. „Софарма“ АД регистрира първи генерик – „Уримакс дуо“ в областта на урологията.
„Софарма Трейдинг“ АД придобива едноличен контрол върху дружествата „Ес Си Ес Франчайз“ АД и „Санита Франчайзинг“ АД, с което затвърждава позициите си на аптечния пазар. „Софарма АД“ продава притежаваните от него акции от капитала на „Аромания“ АД, след като е усвоила всички значими марки и дейности. В резултат на продължителни преговори и постигнато споразумение с останалите акционери, в търговския регистър на Република Латвия е вписана промяна в акционерната структура на дъщерното дружество СИА БРИЗ в резултат, на която „Софарма“ АД остава едноличен собственик на капитала на дружеството.